Просто выполните обратную замену перед выводом.
$text = str_replace('\n"', '"', $text);
Посмотрите, что вы должны заменить на странице документации mysql_real_escape_string
UPD: mysql_real_escape_string заменяет все опасные (в смысле SQL-инъекции) символы в значении.Например, заменяет "вкл \" и тд.Полный список смотрите в документации по функции.Не знаю, почему он добавляет дополнительные кавычки, но, вероятно, проблема в этой замене.
Возможно, если вы предоставите нам пример ввода и результата, я мог бы рассказать вам больше