1) Да, создайте пустой сайт или что-то еще, он будет перезаписан, но вам нужно что-то представить (может быть параметр stsadm, чтобы избежать этого, но довольно просто создать пустой пустой сайт через stsadm или центральный администраторитак ...)
2) Экспорт> Импорт на уровне семейства сайтов будет экспортировать, а затем импортировать все ниже.
3) У вас есть действующее веб-приложение (наверное, jps80) и хотя бы одно семейство сайтов (см. мой первый ответ), даже если это пустой сайт?