Это кажется ошибкой в Tweepy - даже если вы сделаете вызов api.update_status с правильными параметрами,
api.update_status(status=your_status, in_reply_to_status=tweet_to_reply_to.id)
твит не будет ответом,Чтобы получить ответ, вам нужно указать пользователя, которому вы хотите ответить на И , указать правильный идентификатор in_reply_to_status.
reply_status = "@%s %s" % (username_to_reply_to, your_status)
api.update_status(status=reply_status, in_reply_to_status=tweet_to_reply_to.id)
Имейте в виду - серверы Tweepy и Twitter по-прежнемувведите не более 140 символов, поэтому убедитесь, что вы отметили
len(reply_status) <= 140
Опять же, я думаю, что это ошибка, потому что в приложении Twitter вы можете отвечать, не вставляя имя пользователя, которому выотвечаете.