Для этого существует множество инструментов, одним из которых является perl:
perl -pi -e 's,(\d+), ($1 < 200000) ? $1 : ($1 - 123456) ,ge' yourfile
Пример:
fge@erwin ~ $ perl -pe 's,(\d+), ($1 < 200000) ? $1 : ($1 - 123456) ,ge'
I have 3 apples and 290000 oranges # input
I have 3 apples and 166544 oranges # output
Если у вас установлен Cygwin и Perl, вы настроены.