Прогресс!
Я много чего изменил, и сейчас вроде как работает. Она сортируется, а затем сразу же возвращается (возможно, это jsFiddle? Попробуйте загрузить это на свою страницу и посмотрите, что произойдет)
Сейчас я делаю проект по изотопам и сейчас использую:
$(document).ready(function() {
// initialize isotope
});
Я пытался использовать это в скрипке, но мне почему-то это не понравилось.
Редактировать: рабочее решение ниже, спасибо @jaychapani за указание на ошибку HTML.