Это зависит от того, сколько вы хотите инвестировать и насколько надежным должно быть решение. Быстро и грязно, вы можете печатать из Adobe Acrobat в файл, используя драйвер PCL (смотри, мама, без Java ...).
API службы печати Java может обрабатывать PDF. Используйте StreamPrintService и запишите поток в файл, используя PCL для формата вывода.
Если вам нужен больший контроль над содержимым, возможно, измените его или добавьте к нему, вы можете использовать анализатор PDF (например, этот ) и распечатать полученный HTML-код из браузера, Ваше приложение запускается, например, путем добавления некоторого Javascript.