Я бы использовал 2 navigationController.
Объявите свой первый navigationController как обычно, затем, когда пользователь коснется segmentedControl, создайте свой tableController с другим navigationController и отобразите его как modalViewController.
UINavigationController* modalController = [[UINavigationController alloc] initWithRootViewController:tableViewController];
[modalController setToolbarHidden:NO];
[self.navigationController presentModalViewController:modalController animated:YES];
[modalController release];
Затем, когда пользователь коснется сегментированного элемента управления tableViewController, просто отклоните viewController.