Согласно документации clang , цвет включается только , когда обнаружен терминал с поддержкой цвета .SCons не передает автоматически все переменные среды процессу, который запускает компилятор, вы передаете их явно.И TERM не передается в Clang.
Добавьте следующее в вашу SConstruct, и цвет должен снова работать:
import os
env['ENV']['TERM'] = os.environ['TERM']