Вы показываете большое количество статуса IO_WAIT на CPU (65%).Возможно, вы просто слишком много вытаскиваете из дисков.Попробуйте запустить iostat
и посмотреть, какова активность диска (а именно транзакций в секунду).
Однако вы упоминаете от 10 до 20 запросов.Эти запросы вообще пишут?Они используют транзакцию?Если ответ либо да, то вы блокируете из-за блокировки транзакции в MySQL.Если это так, ваша проблема в том, что вам нужно либо найти способ удалить транзакцию, либо сделать запросы намного более эффективными.
Хорошим тестом будет создание другой базы данных на сервере.Затем запустите ваши запросы и попробуйте выполнить запросы к другой базе данных.Если это работает, это из-за блокировки транзакций.Если этого не произойдет, скорее всего, это диск или какая-то другая утечка из ВМ ...