Вы можете прочитать переменные окружения в файлах NSIS следующим образом:
$%envVarName%
Кроме того, задача муравья позволяет устанавливать символы напрямую:
<nsis script="myproject.nsi" verbosity="4" out="build.log" noconfig="yes">
<define name="VERSION" value="2.1"/>
</nsis>