Может быть, эти ошибки возникают из-за того, что не были собраны все проекты в конфигурации выпуска?
Проверьте это через Менеджер конфигурации и посмотрите, все ли проекты выбраны для сборки для конфигурации выпуска.
Вы также можете создать новую конфигурацию и затем выбрать конфигурацию для наследования настроек.Может быть, вы можете создать копию своей конфигурации отладки таким образом?
Для автоматизации сборки вы всегда можете использовать комбинацию Powershell и MSBuild для сценария сборки.Если у вас есть Team Foundation Server, вы можете использовать автоматические сборки TFS и публиковать их в указанном месте.