fcntl - это встроенный модуль. Он написан не на Python, но на C. К сожалению, он не был портирован на Java, и согласно этому сообщению об ошибке , маловероятно, что он когда-либо будет.
Чтобы ответить на ваш вопрос: он находится в источнике CPython, здесь .
Проблема в том, что fcntl специфичен для Unix; Ваша программа не была переносимой с самого начала. Java довольно строго независима от платформы, и (как подразумевают разработчики Jython в этом отчете об ошибках) некоторые вещи низкого уровня невозможны. Вы можете искать нужные вам функции - у вас может быть больше шансов заставить это работать, чем весь модуль - но я бы порекомендовал поискать способ обойти проблему, а не пытаться заставить fcntl работать в Java.
Надеюсь, вы найдете альтернативное решение.