Ну, если вы используете
letterClips[i].push(letter);
Это добавит букву в конец массива и увеличит его размер (на 1). Таким образом, он начнет добавлять фильмы с буквой в позиции 16 и продолжит с 17, 18, ...
Решение 1: заменить
letterClips[i] = new Array(16);
с
letterClips[i] = new Array();
Решение 2: заменить
letterClips[i].push(letter);
с
letterClips[i][j] = letter;
Либо надо работать.
P.S. Также обратите внимание, что поскольку ваши индексы (i, j) начинаются с 1, ваши слоты [0] [j] и [i] [0] не определено к тому времени, как вы пройдете все итерации.