Обойти это ограничение несложно.
Код, который вы хотите запустить как отдельный поток с собственным консольным окном, просто закодируйте его как отдельное консольное приложение, передавая параметры в соответствии с требованиями командной строки.
Затем запустите отдельные экземпляры этого кода с помощью Start () внутри вашего основного приложения.