Причина, по которой они не говорят, как это сделать, заключается в том, что JasperReports не является автономным приложением, которое конечные пользователи обновляют самостоятельно - это библиотека, используемая для создания отчетов. Если вы не создали приложение, которое использует JasperReports, у вас нет особых причин для обновления до 4.0.2.
Если вы собрали приложение самостоятельно, то вам просто нужно обменять jar-файлы из старых jasperreports на новые и затем протестировать, чтобы убедиться, что в API не было внесено каких-либо критических изменений. (Журнал изменений, похоже, не указывает на их наличие, но вы никогда не указываете, с какой версии вы обновляетесь, так что, возможно, они есть)
Если вы используете что-то вроде maven для сборки того, что вы используете, вы можете обновить версию в информации о зависимостях и запустить новую сборку, и после того, как все ваши существующие модульные тесты пройдут, вы можете запустить свое приложение с новой версией jasperreports. и убедитесь, что это все еще работает.