jQTouch не имеет никакого отношения к скорости доступа к базе данных ваших приложений.
Скорее всего, разница в скорости между вашим iPhone и настольным компьютером.
Кроме того, с помощью CSS, хотя UIWebView, используемый PhoneGap, основан на Webkit, он отличается от настольных версий и может иметь свои собственные особенности. Кроме того, экран iPhone намного меньше, чем ваш рабочий стол, и это может вызвать различия в позициях CSS и т. Д.