Вы можете удалить данные:
t = uitable; % or however you initialize it
set(t,'Data',[])
или просто сделать их невидимыми, данные и тому подобное все еще находятся в таблице
set(t,'Visible','off')
Вы, вероятно, хотите первое, но ядумал, что я предложу оба.