Если я правильно понимаю ваш вопрос, вы хотите выполнить Java-процесс в качестве службы Windows. Если это правильно, оберните ваш java-сервис (также может быть кварцевым) с помощью оболочки tanuki и можете установить его как службу windows. Или, как подсказывает @duffymo, вы также можете использовать cron-триггер.