После выполнения у вас остались процессы ghost excel.exe и word.exe?
Эти призраки могут привести к нестабильной работе системы.
Скорее всего, вы не выпускаете должным образом COM-объекты, созданные вами с помощью автоматизации.
Используйте Marshal.ReleaseComObject(yourobj);
на каждом объекте COM, который вы создаете. Это настоящая боль, я знаю.
Примечание: убедитесь, что вы не создаете экземпляры COM-объектов, не зная об этом:
mySheet = myExcelObject.workbooks[0].Sheet[0]
не только создает экземпляр объекта листа, но и объекта рабочей книги.
Правило большого пальца: никогда не используйте вторичное свойство для COM-объекта (foo.bar.baz) и освобождайте все.
Последнее замечание: вообще не использует офисную автоматизацию на сервере, это плохо, по словам Microsoft, есть полностью управляемые библиотеки для что.