Самое простое, вероятно, было бы представить, что ваше изображение встроено в квадратное изображение (расположено по центру, так что бисекция большего изображения соответствует бисекции меньшего). Конечно, при рисовании вам нужно избегать рисования битов, которые на самом деле не находятся внутри прямоугольника изображения, но я бы подумал, что специальный код, необходимый для этого, будет проще, чем код специального случая, необходимый для обрабатывать неквадратные изображения.
Без дополнительной информации о том, что вы делаете, и о том, что происходит, я не думаю, что есть большая вероятность отладки вашей проблемы появления линий на изображении. (Возможно ли, что основная проблема заключается в том, что ваш размер не является степенью 2, а не в том, что он не квадратный? разные размеры?)