Необработанные исключения в коде CLR не приведут к остановке сервера. Код CLR выполняется в отдельном домене приложения и является изолированным. Максимум, что может случиться (и это маловероятно), - это то, что исключение приведет к сбою домена приложения и вызовет его выгрузку. Это может сделать либо: а) перезагрузку при следующем запросе, либо б) отключение до тех пор, пока проблема не будет устранена или не будет развернута новая версия сборки.
Таким образом, самое большее, эта конкретная сборка CLR будет отключена, а вызывающие сеансы будут получать сообщения об ошибках. Крайне маловероятно, что неисправный код CLR повредит весь экземпляр сервера sql; если это произойдет, я бы сказал, что это ошибка Microsoft, а не ошибка функции CLR или хранимой процедуры.
Весьма вероятным случаем является то, что необработанное исключение .net будет преобразовано в сообщение об ошибке tsql. Самое большее, соединение tsql будет разорвано; скорее всего, это приведет к сообщению об ошибке.