Что-то вроде следующего должно помочь вам, обратите внимание, что я использую Apache Commons FileUtils вместо того, чтобы возиться с буферами и потоками для простоты ...
File folder = new File("/path/to/files");
File[] listOfFiles = folder.listFiles();
for (int i = 0; i < listOfFiles.length; i++) {
File file = listOfFiles[i];
if (file.isFile() && file.getName().endsWith(".txt")) {
String content = FileUtils.readFileToString(file);
/* do somthing with content */
}
}