По умолчанию значок отображается в проводнике или на кнопках панели задач?В последнем случае: измените значок и для форм, так как значок кнопки панели задач извлекается не из exe-файла, а из свойства Icon
формы.
Для приложений WPF используйтеатрибут
Icon="Images\Logo.ico"
для элемента Window
в XAML, чтобы окно показывало значок.