Вы можете «кодировать» разрывы строк и использовать атрибут bodyHandler, например:
В документации приведены примеры ссылок на #id в href, который будет отображать содержимое этого #id. Поместите элемент с вашим и #id где-нибудь на вашей странице и укажите это в качестве всплывающей подсказки, например:
<a id="yourLink" href="Hello#world">Some text</a>
$("#yourLink").tooltip({
bodyHandler: function() {
var href_value = $(this).attr("href");
return href_value.replace("#","<br/>");
}
});