Я не знаю, как всплывающие окна реализованы в наборе инструментов AJAX Control, но я подозреваю, что элементы управления добавляются во всплывающее окно динамически.Если это так, вы должны сделать это (при условии, что вы не используете устаревшую версию jQuery):
$("#checkBox").live('click', function() {
// do something
});
(см. здесь , чтобы понять, как это работает.)
Попробуйте и посмотрите, работает ли это.Если вы застряли на старой версии jQuery, я рекомендую использовать плагин LiveQuery.