Я не уверен, что правильно понял ваш вопрос, но инстанс машины Amazon аналогичен любой другой машине под управлением Linux (или Windows). Вы можете использовать те же инструменты, которые использовали бы, если бы машина была в вашей сети. Конечно, вам нужно сделать это удаленно. С Windows-машины вы можете подключиться к экземпляру с помощью таких инструментов, как Putty или WinScp - вы, вероятно, знаете об этом, если сможете создать новый образ. Используйте эти инструменты для настройки вашего экземпляра так же, как если бы вы настроили компьютер в локальной сети.