Не делай этого:
[[CCDirector sharedDirector] replaceScene:[mainMenu node]];
Вы пытаетесь повторно инициализировать уже существующий объект (mainMenu). Если вы хотите использовать один и тот же узел (я бы добавил, довольно необычно), вам придется сделать это следующим образом:
[[CCDirector sharedDirector] replaceScene:mainMenu];
Но так как вы ожидаете вызова init, вы хотите создать новый экземпляр вашего главного меню, чего вы добьетесь таким же образом, как в [HelloWorldLayer scene], отправив сообщение узла самому классу (предполагая, что MainMenu Название класса):
[[CCDirector sharedDirector] replaceScene:[MainMenu node]];