Вы, очевидно, пытаетесь запустить Eclipse в 32-битной JVM.Это нормально, но это означает, что вы не сможете использовать нигде, как все свои 16 ГБ оперативной памяти.Теоретический предел того, что система Linux разрешит использовать 32-битному процессу, составляет менее 3 ГБ.
Это не объясняет, почему Eclipse работает, когда вы запрашиваете кучу 2 ГБ.Вы должны быть в состоянии выделить немного больше, чем это.Вы проверили файл журнала Eclipse, чтобы узнать, есть ли там дополнительная информация?
В любом случае, мой совет - скачать и установить 64-битный JDK и использовать его для запуска Eclipse.Если вы решите использовать 32-битную версию, вам все равно придется обновить ее, поскольку в вашем текущем JDK отсутствует ряд важных исправлений безопасности.