Чтобы преобразовать консольный .exe в windows .exe, вы можете использовать:
var file = "foo.exe";
var module = ModuleDefinition.ReadModule (file);
// module.Kind was previously ModuleKind.Console
module.Kind = ModuleKind.Windows;
module.Write (file);
Другой способ - это просто выбрать соответствующее значение ModuleKind.Из источника Сесила:
public enum ModuleKind {
Dll,
Console,
Windows,
NetModule,
}