Звучит как проблема с драйвером X или с менеджером окон.Можете ли вы попробовать его на другом дистрибутиве или другой версии Ubuntu?
Если ваша программа не аварийно завершает работу, вам следует вызвать SDL_Quit()
или SDL_QuitSubSystem(SDL_INIT_VIDEO)
или просто выйти из полноэкранного режима.Это должно восстановить исходные настройки.