Я думаю, что вы имеете дело с проблемой цепочки сертификатов, а не с проблемой XML-RPC.
Вам необходимо выяснить, как заставить клиента XML-RPC неявно доверять сертификату.и не делайте ничего, кроме краткой проверки.
Есть примеры этого, я просто не уверен, как привязать его к вашему конкретному клиенту XML-RPC.