Как правило, вы создаете подраздел реестра и значение HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \, а затем просто читаете этот ключ во втором установщике, чтобы решить, куда его поместить.
Что-то вроде HKLM \ SOFTWARE \ MyApplication ,
Затем вы создаете строковое значение с именем InstallPath и записываете туда путь от вашего первого установщика.
В зависимости от того, что вы делаете, вы можете посмотреть объединить модули для установки нескольких компонентов с одним MSI.