Мне на самом деле удалось исправить это самому путем проб и ошибок.
Сначала вам нужно включить расширения трансплантата и mqMerge в файле mercurial.ini. Добавьте строки, следующие за строками под заголовком расширения
transplant=
mq=
Клонируйте свой репозиторий на новое место.
В вашем новом репо удалите неудачное слияние с помощью команды strip, чтобы очистить историю, и эффект неудачного слияния будет удален. (Остерегайтесь, что это удалит все потомки изменений)
Затем вам нужно выбрать все необходимые наборы изменений в хронологическом порядке из другого репо, используя команду, аналогичную приведенной ниже
hg transplant -s "otherRepo" -b "branchName" "changesetHexNumber"
Повторите команду трансплантации для всех необходимых наборов изменений. Ouila!
NB. Если вы используете центральный репозиторий, вам нужно будет также удалить туда слияние / изменение набора, если это не так, иначе ваше локальное хранилище сочтет, что у вас есть выдающиеся наборы изменений для извлечения.