Я думаю, вы неправильно понимаете, что делает fsc. fsc запускает процесс демона, который остается активным между вызовами для компиляции, поэтому он не должен выполнять всю инициализирующую работу каждый раз. На самом деле вы не можете запустить компиляцию в совершенно отдельном окне, если у вас нет общей файловой системы.
Как говорит Джеха, вы должны указать временный каталог с -D, а затем файлы scala, которые вы хотите скомпилировать (вот почему вы получаете инструкции по использованию - в нем отсутствует важная часть информации).
Вам также нужно удалить -server, так как fsc выбирает порт, на котором он будет работать, и сообщает вам об этом при первом запуске. Вы увидите строки примерно так:
[Temp directory: /var/folders/oj/ojMgC8mDH4uK9fM5cjlK1E+++TI/-Tmp-/scala-devel/temp]
[Port number: 54056]
[Connected to compilation daemon at port 54056]
Затем, когда вы хотите перекомпилировать, вы просто вызываете ту же команду еще раз (все еще не нужно указывать порты сервера), а затем, когда вы закончите, запустите fsc -shutdown
см. здесь для справочных страниц