Я не уверен на 100%, вот мое предположение.
Вы используете System.ServiceModel и добавили его в качестве ссылки в свой проект. ServiceModel, в свою очередь, использует сборку SMDiagnostics, но в вашем проекте на нее явно не ссылаются. Возможно, вы компилируете с --standalone, и поэтому он предупреждает вас о невозможности найти транзитивное замыкание всех сборок?
В любом случае, я ожидаю, что если вы добавите явную ссылку на SMDiagnostics, предупреждение исчезнет. В любом случае, это, вероятно, безобидное предупреждение (я думаю, что SMDiagnostics, вероятно, находится в GAC, так что он будет найден во время выполнения независимо).