Вы можете сделать это, отредактировав файл csproj; добавить атрибут «Условие» в ссылку.
<Reference Include="Foo" Condition="'$(Configuration)'=='Debug'"/>
<Reference Include="Bar" Condition="'$(Configuration)'=='Release'"/>
Тем не менее, меня беспокоит, что это значит для модульного тестирования.