Лучшая практика - загружать javascript в внизу ваших страниц, чтобы ваш скрипт не замедлял загрузку вашей начальной страницы.
Поскольку вы также специально упомянули jquery, я бы рекомендовал использовать этот код в конце вашей главной страницы:
<script src="http://www.google.com/jsapi"></script>
<script>
// Load jQuery
google.load("jquery", "1");
</script>
Преимущество этого состоит в том, что ваши пользователи, вероятно, уже будут иметь эту копию jquery, кэшированную в их браузере, и вы всегда будете использовать последнюю версию для загрузки:)
Если вы используете мастер-страницу, вам не нужно будет вставлять скрипт «на каждую страницу».