Они хранятся в вашем рабочем пространстве, так что да, их можно настроить для каждого рабочего пространства.Теперь есть конфигурации проекта и такие, которые могут повлиять на вещи, отображаемые в представлении навигатора, но фактическая конфигурация для самого представления находится в вашей рабочей области.