ctools является зависимостью field_group. Если вы хотите программно взаимодействовать с группами полей, вам нужно сделать это через API ctools.
К счастью, в этом случае это не сложно. Должно работать что-то вроде следующего:
if ($group = field_group_load_field_group($group_name, $entity_type, $bundle_name, $mode)) {
ctools_include('export');
field_group_group_export_delete($group, FALSE);
}
Просто grep для этих функций в модуле field_group для получения дополнительной информации.