Для запуска приложения вы можете использовать любое из них, они точно такие же.
Единственное отличие состоит в том, что пакет JDK содержит другие полезные исполняемые файлы, такие как javac, которые не нужны в JRE, который должен быть как можно более легким с точки зрения размера.Идея заключается в том, что в старые добрые времена 56K JDK объемом 70 МБ загружалось очень просто, чтобы просто запустить программу, отсюда и существование гораздо меньшего пакета JRE.