Я никогда не видел ничего в документах Xrandr или Xinerama об ограничении движения мыши одним монитором.
И до Xinerama я запускал несколько экранов X на нескольких мониторах, но мышь без проблем перемещалась между мониторами. (Windows завис на мониторе, на котором они запускались; он работал намного лучше, чем кажется. :) Так что это, вероятно, вышло.
Вы можете решить эту проблему, запустив еще один X-сервер. Настройте второй X11 для правильного экрана, без устройства ввода мыши (тоже клавиатуры?) И запустите клиенты на этом втором X-сервере, используя DISPLAY=:1 xterm & и т. Д.