Вы можете получить проблемы с загрузкой классов, если ваши приложения не изолированы, то есть имеют собственный репозиторий загрузки классов и загрузчики классов. Если вы сконфигурируете JBoss для изоляции приложений друг от друга, у вас должно быть все в порядке (я не знаю, какое значение по умолчанию для вашей версии, но используемый нами 4.2.3 не изолирует приложения по умолчанию).
Чтобы пояснить это немного:
Если у вас есть два класса с разными реализациями, но с одинаковым FQCN, вы можете получить неправильный класс из загрузчика классов для приложения, которое загружается вторым. Даже если реализация была такой же, вы можете получить исключения приведения класса или другое странное поведение, если одно приложение получит класс из другого приложения.