Рекомендуется определить переменную среды JAVA_ENDORSED_DIRS. Тогда Tomcat будет использовать это свойство Java:
-Djava.endorsed.dirs=$JAVA_ENDORSED_DIRS
чтобы загрузить одобренные банки. Итак, создайте папку, поместите туда jaxb-api.jar v2.1 и определите переменную окружения, которая будет указывать на эту папку.
Это лучше, чем использование глобального одобренного каталога, потому что это не влияет на всю JVM, и вам не нужно повторять процесс при обновлении JRE.