Вот как я решил эту проблему в моей среде.
Преимуществом этого подхода является то, что вы получаете структуру сборки, которая не зависит от IDE, обеспечивает хорошую опорную точку для ваших сборок, подходит для непрерывной интеграции - все преимущества использования Maven.
Недостатком является сложность использования Maven.