Лично (используя Mercurial) я никогда не сталкивался с технически поврежденным хранилищем. На самом деле, я бы сказал, что вероятность испортить хранилище очень и очень мала при использовании только обычных команд (добавление / удаление файлов, фиксация, push, pull, merge).
Все может стать сложнее, когда вы начнете играть с историей, например, навсегда удалить наборы изменений, перебазировать ветви, свернуть наборы изменений - эти действия по своей природе разрушительны. Однако, хотя в Mercurial вы можете действовать деструктивно, вам придется явно включать соответствующие команды и часто получать значимые предупреждения перед выполнением потенциально проблемных команд.
AFAIK Git имеет меньше барьеров в повреждении репозитория, потому что он поддерживает более разрушительные действия по умолчанию (пользователи Git, поправьте меня, если я ошибаюсь).
Наконец, вас это не должно волновать: Одним большим преимуществом DVCS является то, что каждый клон является независимым полным хранилищем. Если репозиторий поврежден, эта проблема затрагивает только одного или нескольких разработчиков. Если проблема не может быть решена, отзовитесь от центрального или коллегиального репо и продолжайте работать над этим состоянием.