Хорошо, вот решение, которое я нашел (на случай, если кому-то еще это понадобится).
Не пытайтесь ссылаться на родительские элементы управления напрямую из VB.Вместо этого создайте функцию java в родительском aspx (например, так):
function HideModal()
{$find('ModalPopupExtender1').hide();}
Затем создайте функцию java на дочерней странице aspx следующим образом:
function HideModal()
{parent.HideModal();}
Наконец, создайтеследующее в VB code-behind ребенка aspx
strScript = "<script language=" & Chr(34) & "javascript" & Chr(34) & " id=" & Chr(34) & "MyClientScript" & Chr(34) & ">HideModal();</script>"
ClientScript.RegisterStartupScript(Me.GetType(), "HideModal", strScript)
Работало довольно хорошо!