Загрузка приложения для iPhone работает следующим образом.
При запуске выдает png-изображение «Launch Image», которое вы указываете в настройках сборки. (Крутой трюк - сделать снимок экрана первым экраном. Приложение выглядит так, как будто оно запускается мгновенно).
Затем управление переходит к вашей функции Main.m, которая строит ваши окна.
То, что вы хотите сделать, это установить ваш стартовый образ. Затем создайте новое представление, которое вы вызываете из функции main.m.
Посмотрите книгу Эрика Садуна Iphone Cookbook для более подробной информации. (Или просто просмотрите исходный код, она собирает почти все свои приложения на Main.m).