Это не проблема с разрешениями Java, а проблема с разрешениями операционной системы. См. FileSystemException .
Подклассами FileSystemException являются: AccessDeniedException, AtomicMoveNotSupportedException, DirectoryNotEmptyException, FileAlreadyExistsException, FileSystemLoopException, NoSuchFileException, NotDirectoryException, NotLinkException.
Из AccessDeniedException:
Проверенное исключение, которое выдается, когда операция файловой системы запрещена, как правило, из-за разрешения доступа к файлу или другой проверки доступа.
Это исключение не связано с AccessControlException или SecurityException, выдаваемыми контролерами доступа или менеджерами безопасности, когда доступ к файлу запрещен.