Это зависит от того, какие функции вы используете.В NIO2 есть некоторые функции, которые вы просто не можете воспроизвести в Java 6.
Но для этого нужно создать интерфейс, содержащий необходимые функции, а затем написать две реализации.Во время выполнения вы можете проверить версию Java и использовать отражение для создания правильной версии.