Не должно быть никаких различий в совместимости, поскольку JVM в основном одинакова. Однако это первые дни, поэтому могут быть тонкие различия, которые вызывают проблемы, о которых люди еще не знают.
например. Eclipse смотрит на поставщика в файле java.exe в Windows и по-разному устанавливает аргументы командной строки для разных поставщиков. У него есть проблема с обновлением 22 для Java 6, потому что Oracle хотел изменить его с "Sun" на "Oracle". Я считаю, что это было изменено, поэтому это «Oracle» в Java 7 (но все еще «Sun» для Java 6)
Я хочу сказать, что если вы пишете общий Java-код, у вас не должно быть проблем. Однако, если вы делаете что-то немного необычное, вам, вероятно, придется повторно протестировать ваше приложение.